明治天皇立即召集太正大臣三条美实、右大臣严仓俱视、内阁顾问黑田清隆、参议山县有朋等人商议对策。
黑田清隆和山县有朋都是激进的战争派，听说朝鲜事变后立即建议出兵控制朝鲜，但右大臣严仓俱视却详细的分析了在东北亚中国、日本和俄国三国之间的战略关系，认为自身目前羽翼未丰，应该低调行事，将自己伪装成受害方，博取国际舆论同情，以便取得更加广泛地支持。
此时，日本国内民众通过新闻报纸，也都知道了朝鲜杀死日本使馆人员的事，一时群情激奋，纷纷要求立即对朝宣战。顿时，日本上空，战云密布。
汉城。
起初，朝鲜政府面临变生肘腋的这种情况，并没有给以足够的重视，把这次兵变当作一般的变乱处理，在暴动蔓延时只让武卫大将李景夏再度出面，去晓谕解散。
没想到李景夏被起义军民给轰走了。随后，闵妃派去镇压哗变的一点兵力竟也全部倒戈，终于使闵妃集团陷入四面楚歌的境地，汉城的军队和政权机构一日之内全部瘫痪。
朝鲜高宗李熙面对这种突发状况惊慌失措，被迫急召大院君入宫随侍，并宣布归政于大院君以挽回局面。
李昰应终于如愿以偿，在起义士兵和市民的拥护下第二次掌权摄政。
大院君执政后第一件事就是收拾宫廷的乱局。
此时宫中涌入成千上万的士兵和市民，搜寻闵妃，捕杀官吏，刹那间变得腥风血雨、混乱不堪。
大院君先命令士兵撤出宫廷，不料士兵们表示：“闵妃还没有被抓到，如果不把她抓住，我们绝不退兵！”
为了安抚起义士兵和民众，大院君诈称闵妃已死于乱军中。同时，他颁布法令，赦免了起义士兵和市民；释放了因反对开放国门而下狱的郑显德、李晚孙、金平默等官员和儒生；又宣布恢复五营军和三军府，废除别技军，并发给士兵积欠的军饷。
得到了自己想要的，起义士兵和市民这才放下武器，从昌德宫撤走。
随后，大院君起用自己的亲信和申应朝等保守士大夫，让自己的长子李载冕兼任武卫大将、户曹判书、宣惠厅堂上等重要职务，掌握兵权和财政。
除了人事的安排外，大院君亦立即着手推行改革以缓解社会危机。
他下令把京城附近郡邑的粮米运往京城，作为军士的俸米及民众的粮食。此后，又下令严禁私自铸造货币，以维护国家的利益；废除都贾制度，强调人人均须纳税；将地方物产直接运至汉城，以免各地豪强从中取得非法利益。
随着李昰应的一项项措施的推行，壬午兵变暂时平息下去。