当时广宁已经丢了，王在晋觉得山海关关城本身存在重大的隐患。
他建议修重城，重城修好以后，山海关关城才真正能成为雄关天险。
画地筑墙，建台结寨，
造营房，设公馆，
分兵列燧，守望相助，
重关设险，
卫山海，
以卫京师。
一句话，就是建城死守，让你打不进来，然后我慢慢地积蓄力量。等到力量足够之时，一举将你歼灭。
王在晋的主张，遭到宁前兵备佥事袁崇焕、主事沈棨、赞画孙元化等的反对。
袁崇焕要求修筑到二百里之外的宁远，但王在晋不听。
袁崇焕两次直接将意见报告给首辅叶向高，但叶向高不知前线的情况，拿不定主意。
这时大学士管兵部事孙承宗自请行边，亲赴山海关。
孙承宗回京后，面奏王在晋不足任，“笔舌更自迅利，然沉雄博大之未能”，改任南京兵部尚书。
不久王在晋就辞职了。