执政初期，整顿吏治，重用汉臣，获取列强支持，先后镇压了太平天国、捻军等起义，使得清王朝获得了暂时的稳定。同时期，洋务运动开始，近代工商业获得初步发展。史称同治中兴。
同治帝崩逝后，她择咸丰帝之侄载湉（光绪帝）入继大统。随着慈安暴卒、奕?被罢免，慈禧开始独掌大权。期间一度归政，但在戊戌政变后再度训政。
义和团运动兴起后，利用其斗争对列强宣战，引发八国联军侵华。两宫回銮后，相继实行清末新政、预备立宪，企图挽救王朝危机。
光绪三十四年（1908年）十月二十一日，光绪帝驾崩，慈禧选择溥仪作为新帝，她自即日起被尊为太皇太后。
次日在仪鸾殿去世，享年七十四岁。葬于定东陵。谥号长达二十三字，简称“孝钦显皇后”。
慈禧一度垂帘，三次训政[173]，前后掌晚清政权四十七年，是清朝同光两朝的实际统治者。围绕着慈禧在中国近代发展中所起作用的评价，中外学界也有着不同的讨论。
我寄相思与明月：慈禧啊，是中国的罪人，可是却是清朝的功臣啊。
goin：对，但是我还是不喜欢她。
care：对了，你们知道慈禧喜欢别人叫她亲爸爸吗？
......
苏玥说：“这个我倒是知道，你们可以看看哈。”
慈禧与光绪是清史上一对特殊的“母子”。
一是光绪是慈禧亲妹妹的儿子。
慈禧儿子同治皇帝19岁英年早逝后，为继续掌控大清最高权力，慈禧力排众难、大费周折地将年仅4岁的小外甥载湉立为帝。
二是光绪是慈禧掌权的傀儡。
慈禧立小外甥为帝，动机本就很不单纯，只让他作为自己继续掌权的筹码。因此光绪从4岁起就生活慈禧的高压之下，慈禧动辄对他大动肝火，令光绪身心遭受严重伤害。
如此，日子一久，光绪就对慈禧十分惧怕了，一见到她就战战兢兢，语无伦次。
最令他苦恼的是，慈禧就连对他的请安“皇太后吉祥”都十分反感，总对他以一声冷哼来回应，甚至还莫名其妙地对他发雷霆之怒。