当时李文忠任上公，主管国学，而梅殷任山东学政。
朱元璋赐诏赞美梅殷精通经史，当朝官员都尊重他。
至朱元璋晚年时，诸藩王实力强盛，朱元璋密令梅殷辅助建文帝。
建文三年（1401年）十二月，梅殷奉命镇守淮安，对防御之事很上心，发布号令都很严明。
建文四年（1402年）四月，朱棣大败建文帝军队，平安、马溥、徐真等将领皆被俘虏，朱棣派遣使者以进香为借口欲图借道，梅殷回答道：“进香之事，皇考有禁令，不遵守的人可是不孝。”
朱棣听闻大怒，写信给梅殷说：“如今我兴兵清君侧，是顺应天命，不是常人所能阻挡的。”
梅殷割去送信使者的耳、鼻后，将其放归朱棣，并对他说：“留下你的嘴巴，好让你为燕王讲讲什么叫做君臣大义。”
朱棣气得不行，只得从扬州进军南京。
建文四年（1402年）六月，朱棣攻破南京，建文帝失踪。
七月，朱棣即皇帝位，时梅殷仍驻军淮安，朱棣逼迫宁国公主咬破手指，写成血书一封送与梅殷，梅殷得书后大哭，询问使者建文帝的去向，使者说：“死了。”
梅殷说：“本应君生我跟着生，君死我跟着死，但我姑且忍耐。”
又听从黄彦清的建议，为建文帝发丧，追谥孝愍，上庙号神宗，接着前往南京。
到南京后，朱棣亲自迎接他说：“驸马爷辛苦了。”
梅殷回答道：“劳而无功，只能惭愧罢了！”
朱棣沉默不语。
此后梅殷的愤怒之情久久不能平息，经常有不平的言语和神态，朱棣也经常派人于夜中潜入梅殷的府邸，梅殷察觉后更加愤怒，二人的关系也就不可调和。
永乐二年（1404年），都御史陈瑛上奏称梅殷培养死士，和女秀才刘氏勾结，诅咒朱棣。