朱由检起初得知毛文龙被杀，感到十分震惊。
单就从品级这一条上说，大明律有规定：“凡京官、及在外五品以上官有犯、奏闻请旨、不许擅问。”
毛文龙被斩时的官位是钦差平辽便宜行事总兵官征虏前将军左军都督。
其中的“钦差平辽边宜行事总兵官”属于“使职差遣”，即临时派遣的职务；“征虏前将军”、“左军都督”才是官位。征虏前将军不常设，左军都督是职事官。
即毛文龙真正的官位为五军都督府的左都督，为正一品。
从这一点上说，就算毛文龙真有过错，袁崇焕也只能是“奏闻请旨”、“不许擅问”。
即便袁崇焕手握崇祯赐予的尚方宝剑，但是面对毛文龙这样的重臣，也应该提前知回朝廷。
毕竟，尚方宝剑更多的只是一种象征，而不是真的先斩后奏。
朱由检虽然对袁崇焕擅杀毛文龙的事情感到震惊，但是人已经死了，他也没有办法了。
辽东地区还是要收复的，此刻也正值用人之际。
况且朱由检还天真的对袁崇焕的‘五年复辽’计划有所期待。
所以对于袁崇焕擅杀毛文龙这件事情就没有怎么追究，也没有怎么责备。
崇祯二年十月下旬，后金大汗皇太极在西征蒙古途中决定掉头攻打明朝。
兵分三路突破大安口等处长城关隘，山海关总兵赵率教战死于遵化。
袁崇焕率关宁军从宁远回防蓟州镇，亦堵截失败。
后金军于十一月二十日兵临北京城下，是为己巳之变。
袁崇焕率军救援北京，在广渠门外与后金军激战，迫使后金军退却。
可就是这次金军的直逼北京城，也让朱由检对袁崇焕起了疑心。
大金军队浩浩荡荡直接从蓟州而过，袁崇焕居然视若无睹，就这样让大金的军队兵临北京城下。
而这样的情况一共出现了两次。