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总督府的火枪队击退华人之后，依然没有放过华人的意思，西班牙吕宋总督科奎拉当即下令，称华人阴谋叛乱，派出麾下精锐士兵三千以及马拉尼几百名西班牙警察，伙同西班牙殖民者在吕宋训练的土著军，向华人进行了反击，并且鼓动当地的土著起来屠杀华人。?〈 ?
赵辉率领的华人虽然人数众多，但是没有统一的指挥，平时也没有进行正规的训练，就连武器都是一些菜刀、木棍之类的地杀伤武器。
面对西班牙正规军和警察部队的攻击，上万名华人节节败退。
屋漏偏逢连夜雨，正当华人被西班牙正规军难和警察部队打得找不到北的时候，马尼拉的土著又闹了起来，他们拿着弯刀弓箭冲进来了华人的家中，抢夺华人的财产，对华人家里的老弱妇孺进行了惨无人道屠杀，无数的妇女被奸淫，无数的孩子死在土著的刀下。
马尼拉土著和当地华人的矛盾由来已久，华人勤劳，土著懒惰，所以华人富裕，土著贫穷，华人和土著的贫富差距越来越大，社会矛盾也越来越大。
能者多得，劳者多得，这本来是社会规律和自然规律，但是土著却不这样认为，他们觉得是华人侵占了他们的生存空间，掠夺了他们的财产。
正是由于土著的这种强盗思想，再加上西班牙殖民者有意扶植土著压制地位日益高涨的华人，所以土著们时刻准备好长枪大刀，随时准备把属于他们的财产从华人手中抢过来，直接把他们的强盗思想升级为强盗行为。
面对两面夹击，华人毫无疑问的败了，后路都被土著抄了，还怎么和西班牙的正规军战斗？
赵辉见事不可为，只得带着华人躲进了马尼拉当地的森林之中。
华人退了，并不代表西班牙人也退了，他们一面派出土著部队进入森林搜索，一面在马拉尼城里清理华人，无论有没有参加过围攻总督府，无论是老还是少，无论是男还是女，都没有逃过西班牙人的屠刀。
当地土著恨华人，西班牙人何尝不是一样，西班牙人深知华人母国的强大，他们对华人有一种天然的惧怕心理，不乘他们手无寸铁的时候屠杀他们，降低他们的地位，更待何时？
据不完全统计，此次西班牙人和当地土著一共杀害当地华人一万多人，有一大半都是手无寸铁的老人、妇女、和孩子。
杀完人之后，科奎拉又下令，此后不许华人在你马尼拉生活，华人只要在马尼拉出现，必杀之！
科奎拉下的这一条命令，很明显是在抢夺华人在马尼拉的产业，华人富裕，在马尼拉有很多产业，西班牙人垂涎已久，只是找不到合适的借口侵占而已，如今借口有了，不侵占的是傻子。
赵辉带着华人躲进森林，暂时躲过了西班牙人和当地土著的屠杀，但是他们的同胞被杀，财产被掠夺，产业被霸占，遇上这些事情，只要他还是一个人，都是不能容忍的。
继续和西班牙人对抗，这是明显不可能的，华人没有粮食，没有武器，他们靠什么和武器精良、训练有素的西班牙正规军战斗？恐怕除了被杀，就没有别的出路了吧！
赵辉也想过向大明政府求救，但是他想到万历年间的旧事，就觉得大明不可靠。