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32鲁道夫麾下的舰娘们，因为黑暗混沌能量的侵蚀，实力突飞猛进，但是心灵却被逐渐控制。
炮术大赛前，得知自己的提督准备勾结深潜者，对东京展开袭击，沙恩霍斯特万分惊恐，决定逃出去求助。
偶然间，沙恩霍斯特找到了洛伊下榻的宅邸。只不过那时候她早已经被黑暗混沌能量控制了大部分心智，所以无法准确清楚的表达自己的意思，只留下了一张意义不明的纸条。
不过从引起了洛伊注意这一点来看，她的求助还是成功的。
炮术大赛之后，为了掩人耳目，鲁道夫率领舰队离开。但是他带走的舰娘们，其实都是经过伪装的深海栖舰！沙恩霍斯特和其他舰娘，作为恐怖袭击的一个环节，被留在了东京。
接下来的事情，就是洛伊及时发现，阻止了沙恩霍斯特炮击八幡海魂神宫。
读取了沙恩霍斯特的思维后，洛伊立即通知李处长和周淼祭司。
一个多小时候，沙恩霍斯特的妹妹格奈森瑙以及其他舰娘，成功被解救。据说发现她们的时候，这些舰娘困在一个被黑暗混沌能量污染的水池里，差一点点，就要堕落为深海栖舰。
周淼祭司带领神职人员赶紧用碧蓝圣水净化，总算将几位舰娘救了回来。
另一方面，由于最初炮击八幡海魂神宫的计划失败，没有让人类守卫部队发生混乱，所以之后的深海袭击也没有掀起太大波澜，只是声势大而已。唯一损失比较大的，就是军港里的出击库。
储存在这里的舰装，全都受了轻重不一的损失，需要一段时间修复才能投入使用。
不过，还是有一层阴云笼罩在海军高层的心头：鲁道夫到底去哪儿了？
提督和舰娘，是人类对抗深海的最大依仗。尤其是提督，如果背叛了人类，堕落为深海的爪牙，那么他麾下的舰娘也将很难幸免。
这是牵一发就动全局的大问题。
如果让普通民众和基层士兵知道有提督背叛了人类，那将是严重的政治危机，整个海军，还有国联政府与海洋神教，也都会面临质疑与不信任。整个人类文明的凝聚力，都有可能受损。
所以，对于鲁道夫的调查搜索，只能暗地里进行。