欲立明朝后裔以号召天下，但缅甸之役及杀害永历帝无可自解；欲行至中原据腹心之地举兵，又恐日久谋泄。
是年十一月，吴三桂起，杀云南巡抚朱国治，拘捕了按察使以下不顺从的官员，发布檄文，自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。
佯称拥立“先皇三太子”，兴明讨清，蓄发，易衣冠，传檄远近，致书平南、靖南二藩及各地故旧将吏，并移回台湾郑经，邀约响应。
云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉、提督李本深等随吴三桂反。云贵总督甘文焜在贵州闻变，驰书告川湖总督蔡毓荣，急走至镇远，被副将江义以兵包围，甘文焜自杀，三藩之乱由此开始。
自1673年（康熙十二年）十一月二十一吴三桂起兵叛乱。至1681年（康熙二十年）十月二十九吴世璠自杀，清军进入昆明，三藩之乱历时八年。其演变过程，大致可分为三个阶段。
初期阶段
康熙时期，阶级矛盾这时已成为社会的主要矛盾；统治阶级内部矛盾也继续存在。
因此，当吴三桂刚一举起反清旗帜，明皇室以及郑经集团、部分汉宫、汉兵和少数民族上层人士，一些地区的农民、奴仆都迅速做出反应。
此外，三藩举起反清旗帜后，四川的几个土司、苗民、察哈尔蒙古布尔尼、青海墨尔根台吉等少数民族也相继响应。
相持阶段
1676年（康熙十五年）五月至十七年七月。
以王辅臣败降平凉为转机，形势向有利于清军发展。
随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降。
尚之信也相继投降。
孙延龄又被吴世璠杀于桂林。
于是，清军集中兵力进逼长沙、岳州，吴三桂聚众固守。
两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。