清军将帅每多观望，旷日糜饷，在军事上仍处于相持阶段。
平定云南
1679年（康熙十七年）八月至二十年十月。
1679年（康熙十七年），吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。
同年秋，吴三桂病死，形势陡变。叛军无首，众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位。
清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军攻陷。
但马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，节节顽抗；满洲将帅仍多迁延，以致时逾两年，清军才进逼云南，康熙二十年底，围攻省城昆明。
吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
清廷在平叛战争结束后，没收藩产入官充当军饷，撤藩回京师。
除吴三桂部调往边区站、台服役外，其余各部重新编入八旗。福州、广州、荆州派八旗兵驻防，广西、云南派绿营兵镇守，彻底消除了藩镇制。
此外，这次平叛战争的胜利，意味着受“三藩”割据之害的人民的解放，给这些地区的社会经济的恢复和发展提供了必要的条件，从而有利于边疆和内地经济、文化的交流。
之后，又于1683年灭亡了台湾的明郑政权。
至此彻底消灭了南明的抗清实力。从此有组织的反清复明运动不复存在。此后，清廷才开始从事行政和财政经济的调整改革，然后致力于解决边疆问题。
三藩之乱持续数年，影响多个省份，大大冲击了清政府的财政环境。
除了遭难地区出现税收的巨大流失，政府还投入巨额兵费以平定叛乱。
三藩之乱导致户部盈余在六年之内下滑85%，1678年仅剩260万两，之后几年只会更少。