大清统治者惊呼：“现在甘肃之平凉、静宁、隆德、安定，省南之巩昌、秦州、伏羌、清水，省北之宁夏、平罗、灵州、固原，莫不揭竿而起，蜂屯蚁聚，滋蔓难图，绵延地方数千里”。
多隆阿准备由秦度陇，镇压甘肃回民起义。他为了解除西征时的后顾之忧，企图迅速攻下由蓝朝柱起义军固守的陕西盩厔。月0日，多隆阿在亲自指挥攻城时为起义军击伤头部，不久死去。清军丧失了主帅，不能锐意西进。
64年5月、6月间，清王朝调福建水师提督杨岳斌充任陕甘总督“专讨”甘肃回民军。
同年7月太平天国天京陷落后，大清把镇压太平军的清军抽调到西北来镇压回民起义军，以致“甘省一隅之地，而统兵大员专折言事者，已至八员之多”，兵勇则达七八万人。
但这些统兵将领派系不一，各自为政，意见分歧，且他们深恐与回民军硬拚，胜败难保，“不如击之使走，捷报频闻，可为幸功邀赏之地”。
所以清军虽曾攻陷回民军占领的固原、盐茶厅、平凉等地，而起义军的实力却未受到大的损失。陕西、甘肃回民军互相配合，采用避实趋虚、飘忽靡常的游动战法，仍打了不少胜仗。
回民起义军不断向清军进攻，使其文报梗塞，粮饷奇绌，省城兰州处于孤立地位。清王朝在甘肃的统治力量处于风雨飘摇之中。
以致陕甘总督杨岳斌在奏折中哀叹：“现在河狄之贼扰于南，平固之贼扰于东，宁灵之贼扰于北，凉肃之贼扰于西，几于剿不胜剿，防不胜防。臣若株守省垣，则饥军终虞坐困；若出省剿办，则根本时虞动摇。外察赋势，内度兵力，实属不敷分拨。”
同年月，捻军首领张宗禹按照“前进甘陕，连结回众”，以成犄角之势的战略思想，率西捻军三万余众自河南进入陕西华阴、渭南境内。清廷害怕回民军与西捻军联合，急令湘军援陕。
提督刘松山统老湘军十八营由河南前往，一面奏调防守中卫的穆图善部移驻甘陕交界的泾州，防止回捻合势，一面率三十营清军从陕西西部的陇州、邠州一带东下，专力攻捻。
回民军与西捻军虽然各自为战，但仍时离时合，在一定程度上起到了战略上相互配合的作用。
甘肃回民军在不断发展的过程中，逐渐形成了四个反清斗争中心：
一个是马化龙领导的以金积堡为中心，包括宁夏府和陇东在内的起义地区。
一个是马占鳌领导的以河州为中心的回、撒拉、东乡族起义地区。
一个是先后由马文义、马桂源和马本源领导的以西宁为中心的起义地区。
一个是马文禄领导的以肃州为中心的起义地区。
陇东的董志原，则是陕西回民军的根据地。
由于陕甘总督杨岳斌对镇压陕甘回民起义束手无策，大清调派闽浙总督左宗棠接任陕甘总督。
67年月，左宗棠从福州取道江西到达汉口，随即进行各项准备工作。2月，清廷又授左宗棠为钦差大臣，催其迅速北上，督办陕甘军务。